Proteome BKL® – BioKnowledge Library

Proteome BKL® – BioKnowledge Library

Biobase ist ein international agierendes Unternehmen, dass sich auf die Sparte der Bio-Informatics spezialisiert hat. Die Leistungen des Unternehmens umfassen die Generierung, die Wartung und die Lizensierung von Datenbanken im Bereich der Molekular-Biologie sowie die Bereitstellung hiermit verbundener Software-Lösungen. Den Hauptsitz hat das Unternehmen in Wolfenbüttel. Insgesamt beschäftigt das Unternehmen hundertfünfzig Mitarbeiter.

Unternehmensgeschichte

Biobase wurde im Jahr 1997 gegründet, als Ausgliederung des Deutschen Forschungsinstitut für Bio-Technologie in Braunschweig. Die Gründer waren Forscher der Forschungsgruppe Bio-Informatics. Vorsitz hatte zu dieser Zeit Edgar Wingender. Zurzeit wird das Unternehmen von Michael Tysiak (besetzt die Positionen des Chief Executive und des Chief Finance Officers) sowie Frank Schacherer (Chief Operating Officer) geführt. Das erste Produkt des Unternehmens Biobase war die TRANSFAC Datenbank. Eine Plattform, die Informationen über Gen-Regulationen enthielt. Gegen Ende des Jahres 1999 verschaffte sich das Unternehmen Risikokapital von dem Investmentfond IMH. Im Jahre 2002 entschied sich das Unternehmen Intec W&G aus Tokyo Shareholder zu werden. Die Beteiligung des japanischen Unternehmens endete 2005. Anfang 2005 kaufte Biobase eine Bio-Datenbank von dem US-amerikanischen Unternehmen Incyte. Diese Datenbank bildete den ersten Bestandteil der Proteome BKL – BioKnowledge Library.

Proteome BKL® – BioKnowledge Library und Relevanz für innovative Energieerzeugungssysteme

Die Proteome BKL® – BioKnowledge Library ist eine manuell gepflegte Datenbank, die wissenschaftliche Artikel aus Peer-Review-Zeitschriften enthält. Die folgenden Module sind in der Datenbank enthalten:

  • TRANSFAC: dieses Modul beinhaltet eukaryotische Beschreibungs-Parameter; ihre DNA-Bindungsstellen sowie Bindungsprofile
  • TRANSCompel: Inhalt sind transkriptionsregulierende Verbundelemente
  • TRANSPro: Promotorensequenzen von einer ausgewählten Anzahl an eukaryotischen Organismen
  • PathoDB: Schwerpunkt dieses Moduls sind Artikel über krankheitsrelevante Mutationen in Transkriptionsfaktoren und der zugehörigen Verbindungsseiten
  • TRANSPATH: Thematik sind die Signalübertragung und metabolische Leitungsbahnen in Säugetieren
  • YPD: beinhaltet alle bekannten Fachartikel zu dem Thema Proteine in Saccharomyces cerevisiae
  • PombePD, MycopathPD: Diese beiden Module befassen sich mit den Proteomen des Schizosaccharomyces pombe und pathologischen Pilzen
  • WormPD: dieses Modul beinhaltet ausgewählte Fachartikel zu den Proteomen des Caenorhabditis elegans
  • HumanPSD: Bestandteil hierbei sind wissenschaftliche Artikel aus Peer-Review-Zeitschriften, die die Proteome des Menschen, von Mäusen und Ratten zum Thema haben
  • GPCR-PD: Fachartikel zum Thema G-Protein-Rezeptoren

Nutzen der Proteome BKL® – BioKnowledge Library

Die in der Proteome BKL® – BioKnowledge Library enthaltenen Module werden wöchentlich aktualisiert. Somit hat die Datenbank hohe Relevanz für aktuelle Forschungsarbeiten. Mittels des integrierten Portfolios wird es Wissenschaftlern ermöglicht hoch komplexe biologische Sachverhalte zu entschlüsseln und in Bezug auf die Forschungsziele aufzubereiten. Die Datenbank ist entsprechend der einzelnen Themengebiete geordnet aufgebaut und ermöglicht somit das schnelle Auffinden relevanter Artikel. Des Weiteren werden dem Nutzer die Verbindungen zu anderen Themengebieten aufgezeigt. Dies erleichtert das Verständnis bezogen auf den weiteren Kontext. Mit Hilfe der bereitgestellten Informationen können Wissenschaftler beispielsweise die Prozesse in Bio-Gas-Anlagen besser verstehen. Dies bietet Potentiale zur Optimierung der ablaufenden Prozesse. Als Folge kann mehr Gas produziert werden. Dieses Gas wird wiederum nach einer Aufbereitung zur Energieerzeugung verwendet. Es kann entweder Strom oder Wärme produziert werden. Des Weiteren ist es möglich das Gas in das vorhandene Gasversorgungsnetz einzuspeisen. Indem die Bio-Gas-Produktion durch die Zuhilfenahme der Datenbank optimiert werden kann, trägt das von der Firma Biobase bereitgestellte Produkt dazu bei, die Nutzung fossiler Energieträger zu minimieren. Ein weiteres Beispiel zur innovativen Energiegewinnung ist die Erzeugung von Strom aus Klärschlamm. Der Klärschlamm fällt in der Kläranlage als Nebenprodukt an und wird entweder verbrannt oder in einem Faulturm gelagert. Im Faulturm zersetzt sich der Schlamm unter Abgabe von Wärme und Gas. Dieses Gas kann zur Erzeugung von Strom eingesetzt werden. Um die Prozesse besser verstehen zu können, greifen Wissenschaftler auf die in der Datenbank enthaltenen Informationen zurück. Etwaige Optimerungs-Potentiale können somit erkannt werden und als Folge kann die Ausbeute bei der Gas-Produktion erhöht werden.

Forschungsprojekte des Unternehmens Biobase

Das Unternehmen beteiligt sich an einer Vielzahl an Forschungsprojekten. Zurzeit engagiert sich das Unternehmen in neun Projekten. Eines davon ist beispielsweise das Sysco-Projekt. Bei diesem Forschungsprojekt werden experimentelle und simulative Ansätze vereint, um intrazellulare Prozesse bei einem Parasitenbefall zu erforschen. Ein weiteres Projekt namens TRANSISTOR befasst sich mit den Regulationsprozessen in Pflanzen. Darüber hinaus hat das Unternehmen Biobase Partnerschaften mit führenden Universitäten beziehungsweise Forschungseinrichtungen, wie zum Beispiel zur Universität von Tokyo und dem Fraunhofer Institut Toxikologie und Experimentelle Medizin.